O Programa PAI PRESENTE foi instituído em 2010 pelo Conselho Nacional de Justiça – CNJ, com a edição do Provimento 12 como uma ação nacional executada a partir de dados compartilhados com o Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira – INEP – forneceu dados do Censo Escolar (Sistema Educacenso) de 2009.
No âmbito do Tocantins o Programa foi regulado inicialmente pelo Provimento 9/2012/CGJUS/TO e ampliado pelo Provimento 25/2018/CGJUS/TO para abarcar a paternidade e maternidade socioafetiva.